cBioPortal的数据来源于TCGA, ICGC, GEO等数据库,整合的基因组数据类型包括体细胞突变、DNA拷贝数改变(CNAs)、mRNA和miRNA表达量、DNA甲基化、蛋白质丰度和磷蛋白丰度。cBioPortal可这三个基因在BRCA中并不显著影响生存分析结果,是因为GEPIA2这个数据库是针对TCGA和GTEx项目中的==RNA测序表达数据==做分析,而文章中的是CNA上的change,所以去cBioPortal这个网站做
cBio Cancer Genomics Portal提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具,cBioPortal可以帮助癌症组织和细胞学研究得到的分子学数据认识和理解遗传、表观遗传、基因表达和蛋白质组学。通过自定义数据cBioPortal学习笔记(1) 进入新实验室一周多了,一直忙着各种的training,空闲时间都在读文献,老板一直强调“磨刀不误砍柴功”,所以一直也不让我着急上手做课题。
cBioPortal介绍使用cBioPortal数据库可以先阅读关于该数据库的文章:The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data.IcBio Cancer Genomics Portal(http://cbioportal/)的出现就是为了减少这种难度的。cBioPortal方便了研究人员探求多维癌症基因组数据,它要以可视化分析基因
(不再更新)https://genome-cancer.ucsc.edu/3.5 cBioportal http://cbioportal/3.6 TCGABiolinks(R包)💙最后提一下搜索技巧,灰常有用:https://jingyan.baidu/article/3官网网址为http://cbioportal/。进入官网后,主页分为以下三个区域,左侧的为选择研究的区域(按器官对各肿瘤分类),中间是下载研究数据的区域,右侧区域是